地質時代の銚子は古い時代の大地が隆起し、周辺の地域と比較して硬い地層が現れていました。50～40万年前以降は、10万年周期で海水面の変動が起こり、東京湾は干上がったり、海になったりを繰り返しました。12万年前頃の銚子では古く硬い地層が露出していた 場所が侵食されずに残り、孤島（岩礁）となり、その後、下総台地が隆起した結果、銚子を東端とする地形となりました。

市域の北部は、縄文時代には古鬼怒湾という大きな入り江ができ、その後、湾口が狭まり古代には香取の海という内海となりました。1594年（文禄３）に徳川家康が利根川を銚子で太平洋へと注ぐ流路へと変更する工事を開始し、約60年の歳月を経て完成しました。